O primeiro Jardim Botânico no Porto foi estabelecido por decreto de Passos Manuel de 1837, sendo localizado em 1852 na cerca do extinto Convento dos Carmelitas, embora a sua criação apenas se verificasse em 1866. Com a ampliação do quartel da Guarda Municipal, o Jardim foi instalado em 1903 na Cordoaria mas por muito pouco tempo, tendo a Universidade do Porto ficado privada do seu jardim cerca de meio século. O Professor Américo Pires de Lima com a colaboração do alemão Franz Koepp, na sequência da compra da Quinta do Campo Alegre pelo Estado, procedeu à sua adaptação tirando partido do traçado de jardins e da vegetação já existentes ao gosto das quintas de recreio do Porto de finais do século XIX. Depois do atravessamento da propriedade pelos acessos da ponte da Arrábida, ela ficou reduzida a 4 ha tendo conservado os jardins iniciais e na parte sobrante dos campos de cultivo e da mata foram sendo instalados novos jardins, nomeadamente de plantas suculentas e de aquáticas assim como um arboreto.
O Jardim Botânico do Porto foi instalado neste lugar, em 1951, pela Universidade do Porto na então chamada Quinta do Campo Alegre que tinha uma área de 12 ha. Esta quinta tinha pertencido à Ordem de Cristo e foi adquirida em 1802 por João Salabert passando a ser conhecida como Quinta Grande do Salabert. Em 1820, passou a ser propriedade de João José da Costa. Por sua vez, João da Silva Monteiro adquiriu-a em 1875 e iniciou a construção da casa e do jardim. A quinta foi comprada em 1895 por João Henrique Andresen Júnior que continuou a construção da casa e do jardim e permaneceu na posse da sua família até 1949, data em que se verificou a venda ao Estado Português.